Portland Trail Blazers (2006-2011)

Roy prožil svůj debut ve svém rodném městě proti Seattle SuperSonics. Ihned ukazoval, že jednou bude patřit k hvězdám ligy, když zaznamenal 20 bodů a následující zápas 19 bodů. Bohužel hned v úvodu sezony ho začala bolet pata, a proto musil vynechat 20 zápasů. Po návratu pak 22. prosince 2006 zaznamenal svůj první double-double proti Torontu Raptors a na konci ledna už vedl všechny nováčky s průměrem 14,5 bodů na zápas. Byl vybrán do zápasu nováčků o All-Stars víkendu a stal se teprve čtvrtým hráčem Portlandu, kterému se to povedlo. Byl také jmenován nováčkem měsíce ledna, února a března 2007. Zakončil sezonu s průměry 16,8 bodů, 4,4 doskoků a 4 asistence na zápas. Díky tomu byl jmenován nováčkem roku NBA. Podařilo se mu získat 127 hlasů z celkových 128. Stal se tedy zaslouženě nováčkem roku i navzdory tomu, že odehrál pouze 57 zápasů a stal se teprve třetím hráčem Portlandu, který vyhrál tuhle kategorii. Jeho tým ale skončil před branami playoff.

V sezoně 2007-2008 měl Roy průměrně 19,1 bodů, 5,8 asistence a 4,6 doskoků v prvních 48 zápasech. Podařilo se mu s Portlandem vyhrát 13 zápasů v řadě. Byl poprvé vybrán do All-Stars teamu, jako náhradník a znovu vybrán do utkání nováčků se svým spoluhráčem LaMarcusem Aldridgem. V All-Star zápase hrál 29 minut - nejvíce ze všech v Západní konferenci. Hrál velmi solidně, přesto se Portland opět do playoff nedostal.

Ještě před sezonou 2008-2009 podstoupil 20 minutovou operaci, při které mu byl v levém koleni odebrán kus chrupavky, protože byl příčinnou podráždění kolene. Musel vynechat několik zápasů z důvodu rehabilitace. Dne 6. listopadu v zápase proti Houstonu Rockets vstřelil vítězný koš v prodloužení, 18. prosince nastřílel své kariérní maximum 52 bodů proti Phoenixu Suns. V únoru proti Knicks vstřelil znovu rozhodující koš. Znovu byl zvolen jako rezerva na All-Stars zápas, kde zaznamenal 14 bodů, 5 doskoků a 5 asistencí (za 31 minut). Skončil jako devátý v hlasování o MVP a byl vybrán do druhého týmu NBA. Poprvé se mu podařilo dovést tým do playoff, tam ovšem narazili na Houston Rockets a prohráli 4-2 na zápasy.

Dne 5. srpna 2009 podepsal s Blazers čtyřletou smlouvu s možností hráčské opce, to zaručovalo fanouškům Blazers, že zůstane v Portlandu minimálně do sezony 2013-2014. Roy byl znovu vybrán do All-Stars Game, ale nemohl nastoupit kvůli zranění ze zápasu 13. ledna proti Bucks, to si ještě zhoršil 20. ledna proti 76ers. Portland znovu postoupil do playoff a tentokrát narazil na Phoenix Suns. Blazers prohráli 4-2, Roy odehrál pouze 3 zápasy, protože si 11. dubna znovu poranil koleno a magnetická rezonance odhalila pohmoždění kolenní kosti. Roy se ale vrátil a v playoff vedl Blazers k výhře, pak avšak prohráli 2 zápasy a tím celou sérii.

Brandon začal sezonu 2010-2011 průměrnými statistikami, ale v prosinci měl znovu problém s koleny a Blazers věděli, že letos nebude na úrovni All-Star. A také museli hledat náhradu, protože nikdo nevěděl, jak dlouho bude mimo hru. 17. ledna 2007 podstoupil artroskopickou operaci obou kolen. Roy se znovu vrátil 25. února, kdy poté nastupoval do hry z lavičky. Několik utkání se mu vydařilo - například když vstřelit 18 bodů, včetně vyrovnávající trojky, která poslala zápas do prodloužení, kde Blazers vyhráli 107:106. Dokonce sezony se ale musel smířit jen s rolí náhradníka (tým s ním díky jeho kolenům už příliš nepočítal). Sezonu ukončil s průměry 12,2 bodů, 2,6 doskoků a 2,7 asistencí za 28 minut ve 47 zápasech. Portland se probojovali do playoff, tam narazil na Dallas Mavericks. Ve druhém zápase Roy odehrál pouze 8 minut. Ve třetím zápase nastřílel 16 bodů za 23 minut a oregonští vyhráli 97:92. V čtvrtém zápase prohrávali Blazers v poločase už 44:67, alee dokázali v památném zápase ještě vyrovnat dokonat obrat (84:82) - Roy přispěl skvělými 24 body. Další zápasy ovšem Portland prohrál a byl vyřazen.

V sezoně 2011-2012 se uskutečnila výluka a v průběhu Roy oznámil svůj konec. Z důvodu zhoršení stavu jeho kolen, byla mu diagnostikována artróza třetího stupně. Po skončení kariéry na něj využili v Portlandu amnenstii, aby měli větší prostor pod platovým stropem.